「トップをねらえ！」シリーズ35周年記念。鶴巻和哉監督のもと、豪華スタッフが結集し制作された感動のスペクタクル巨編がスクリーンに登場。
人類と宇宙怪獣との戦争は未だ続いていた・・・。宇宙怪獣は太陽系辺境星区を勢力圏におさめ、地球への侵攻を続けていた。ある日、雪深い山村より一人の少女「ノノ」が、宇宙パイロットに憧れて街に出てきた。ノノは卓越した「トップレス」能力を持つバスターマシンパイロット「ラルク」に出会う。新しい歴史はこの日、始まった！宇宙怪獣迎撃少年少女隊「フラタニティ」と、帝国宇宙軍の拮抗。それぞれの少女の持つ夢、希望、挑戦、そして戦い。迫りくる宇宙怪獣軍団と人類の存亡を賭けた歴史が、再び動き出す！
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